nx_fasta_test.nx source

1// nx_fasta_test.nx -- KAT for FASTA single-record parser + strip helper. 2// 3// expect_exit: 0 4// 5// license_tier: ORIGINAL 6 7import "nx_syscalls.nx" 8import "nx_const.nx" 9import "nx_fasta.nx" 10 11func main() -> i64 { 12 13 let buf: *u8 = sys_mmap(256) 14 let dst: *u8 = sys_mmap(256) 15 let meta: *i64 = sys_mmap(128) as *i64 16 17 // ============================================================ 18 // Section A -- nx_is_whitespace. 19 // ============================================================ 20 21 if nx_is_whitespace(0x0A) != 1 { return 1 } // LF 22 if nx_is_whitespace(0x0D) != 1 { return 2 } // CR 23 if nx_is_whitespace(0x20) != 1 { return 3 } // space 24 if nx_is_whitespace(0x09) != 1 { return 4 } // tab 25 if nx_is_whitespace(0x41) != 0 { return 5 } // 'A' 26 if nx_is_whitespace(0x3E) != 0 { return 6 } // '>' 27 28 // ============================================================ 29 // Section B -- fasta_strip_whitespace. 30 // src = "AC\nGT \n " (8 bytes) 31 // strip -> "ACGT" (4 bytes) 32 // ============================================================ 33 34 buf[0]=0x41; buf[1]=0x43; buf[2]=0x0A; buf[3]=0x47 35 buf[4]=0x54; buf[5]=0x20; buf[6]=0x0A; buf[7]=0x20 36 let n_strip: i64 = fasta_strip_whitespace(buf, 0, 8, dst, 16) 37 if n_strip != 4 { return 10 } 38 if (dst[0] & 0xff) != 0x41 { return 11 } 39 if (dst[1] & 0xff) != 0x43 { return 12 } 40 if (dst[2] & 0xff) != 0x47 { return 13 } 41 if (dst[3] & 0xff) != 0x54 { return 14 } 42 43 // Empty source range returns 0. 44 if fasta_strip_whitespace(buf, 3, 3, dst, 16) != 0 { return 15 } 45 46 // Capacity exceeded returns -1. 47 if fasta_strip_whitespace(buf, 0, 8, dst, 2) != -1 { return 16 } 48 49 // Bad input. 50 if fasta_strip_whitespace(buf, -1, 8, dst, 16) != -1 { return 17 } 51 if fasta_strip_whitespace(buf, 5, 3, dst, 16) != -1 { return 18 } // end < start 52 53 // ============================================================ 54 // Section C -- single record, single-line sequence. 55 // Buffer 10 bytes: 56 // 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 57 // > i d 1 \n A C G T \n 58 // Expected: header_start=1 header_len=3 59 // seq_start=5 seq_end_excl=10 next_offset=10 60 // ============================================================ 61 62 buf[0]=NX_ASCII_GT & 0xff 63 buf[1]=0x69; buf[2]=0x64; buf[3]=0x31 // "id1" 64 buf[4]=NX_ASCII_LF & 0xff 65 buf[5]=0x41; buf[6]=0x43; buf[7]=0x47; buf[8]=0x54 // "ACGT" 66 buf[9]=NX_ASCII_LF & 0xff 67 68 if fasta_parse_one_record(buf, 10, 0, meta) != 0 { return 30 } 69 if meta[0] != 1 { return 31 } 70 if meta[1] != 3 { return 32 } 71 if meta[2] != 5 { return 33 } 72 if meta[3] != 10 { return 34 } 73 if meta[4] != 10 { return 35 } 74 75 // Strip seq region to get clean bases. 76 let n_clean: i64 = fasta_strip_whitespace(buf, meta[2], meta[3], dst, 16) 77 if n_clean != 4 { return 36 } 78 if (dst[0] & 0xff) != 0x41 { return 37 } 79 if (dst[3] & 0xff) != 0x54 { return 38 } 80 81 // ============================================================ 82 // Section D -- single record, MULTI-LINE sequence. 83 // Buffer 14 bytes: 84 // 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 85 // > i d \n A C G T \n A C G T \n 86 // Seq region buf[4..14) = "ACGT\nACGT\n" -> after strip: "ACGTACGT" (8 bytes) 87 // Expected: header_start=1 header_len=2 88 // seq_start=4 seq_end_excl=14 next_offset=14 89 // ============================================================ 90 91 buf[0]=NX_ASCII_GT & 0xff 92 buf[1]=0x69; buf[2]=0x64 // "id" 93 buf[3]=NX_ASCII_LF & 0xff 94 buf[4]=0x41; buf[5]=0x43; buf[6]=0x47; buf[7]=0x54 95 buf[8]=NX_ASCII_LF & 0xff 96 buf[9]=0x41; buf[10]=0x43; buf[11]=0x47; buf[12]=0x54 97 buf[13]=NX_ASCII_LF & 0xff 98 99 if fasta_parse_one_record(buf, 14, 0, meta) != 0 { return 40 } 100 if meta[0] != 1 { return 41 } 101 if meta[1] != 2 { return 42 } 102 if meta[2] != 4 { return 43 } 103 if meta[3] != 14 { return 44 } 104 if meta[4] != 14 { return 45 } 105 106 let n_clean2: i64 = fasta_strip_whitespace(buf, meta[2], meta[3], dst, 32) 107 if n_clean2 != 8 { return 46 } 108 if (dst[0] & 0xff) != 0x41 { return 47 } // first A 109 if (dst[7] & 0xff) != 0x54 { return 48 } // last T 110 if (dst[4] & 0xff) != 0x41 { return 49 } // start of second line 111 112 // ============================================================ 113 // Section E -- two-record stream with multi-line first record. 114 // Buffer 22 bytes: 115 // 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 116 // > i d \n A C G T \n > i d 2 \n G C T A \n 117 // Hmm let me recount. 22 bytes: 118 // 0:'>' 1:'i' 2:'d' 3:'\n' 4:'A' 5:'C' 6:'G' 7:'T' 8:'\n' 119 // 9:'>' 10:'i' 11:'d' 12:'2' 13:'\n' 14:'G' 15:'C' 16:'T' 17:'A' 18:'\n' 120 // = 19 bytes 121 // First record: header_start=1 header_len=2 seq_start=4 seq_end_excl=9 next_offset=9 122 // Second record (offset=9): header_start=10 header_len=3 123 // seq_start=14 seq_end_excl=19 next_offset=19 124 // ============================================================ 125 126 buf[0]=NX_ASCII_GT & 0xff 127 buf[1]=0x69; buf[2]=0x64 128 buf[3]=NX_ASCII_LF & 0xff 129 buf[4]=0x41; buf[5]=0x43; buf[6]=0x47; buf[7]=0x54 130 buf[8]=NX_ASCII_LF & 0xff 131 buf[9]=NX_ASCII_GT & 0xff 132 buf[10]=0x69; buf[11]=0x64; buf[12]=0x32 133 buf[13]=NX_ASCII_LF & 0xff 134 buf[14]=0x47; buf[15]=0x43; buf[16]=0x54; buf[17]=0x41 135 buf[18]=NX_ASCII_LF & 0xff 136 137 if fasta_parse_one_record(buf, 19, 0, meta) != 0 { return 60 } 138 if meta[0] != 1 { return 61 } 139 if meta[1] != 2 { return 62 } 140 if meta[2] != 4 { return 63 } 141 if meta[3] != 9 { return 64 } 142 if meta[4] != 9 { return 65 } 143 144 if fasta_parse_one_record(buf, 19, 9, meta) != 0 { return 70 } 145 if meta[0] != 10 { return 71 } 146 if meta[1] != 3 { return 72 } 147 if meta[2] != 14 { return 73 } 148 if meta[3] != 19 { return 74 } 149 if meta[4] != 19 { return 75 } 150 151 // Third call at offset 19 -> EOF. 152 if fasta_parse_one_record(buf, 19, 19, meta) != 1 { return 80 } 153 154 // ============================================================ 155 // Section F -- malformed: missing '>' at offset. 156 // ============================================================ 157 158 buf[0]=0x41 // 'A' instead of '>' 159 if fasta_parse_one_record(buf, 19, 0, meta) != -1 { return 90 } 160 buf[0]=NX_ASCII_GT & 0xff 161 162 // ============================================================ 163 // Section G -- header-only EOF (no LF after header). 164 // Buffer = ">id" only (3 bytes, no LF) -> nx_find_lf returns -1 -> -1. 165 // ============================================================ 166 167 if fasta_parse_one_record(buf, 3, 0, meta) != -1 { return 100 } 168 169 // ============================================================ 170 // Section H -- bad parameters. 171 // ============================================================ 172 173 if fasta_parse_one_record(buf, -1, 0, meta) != -1 { return 110 } 174 if fasta_parse_one_record(buf, 19, -1, meta) != -1 { return 111 } 175 176 return 0 177}